Да. Руками создать нужные тебе папки. Там предусмотрены фильтры, которые помогут тебе сделать папки типа личные/группы/каналы/боты. И дальше по твоему желанию.
Уже два года как функции, пора бы пробовать. Тем более, что папки будут синхронизированы между всеми клиентами телеграма, официальными и неофициальными. И ты всюду получишь набор папок, который сам сделал.