Доказать косяк серверной стороны безумно трудно, да. И да, я тоже слышал что только при обновлениях очищалось. А "иногда оставалось несколько сообщений" - может быть они появлялись в Избранном уже после очистки
Верно, могли очистить, а потом кинуть новые сообщения. Но логика подсказывает, что можно было пропажу заметить до этого. А можно было и не заметить.