Пользуй True Phone. Там нормально чекаются и синхронизуются контакты.
Та Труфон и юзаю в качестве номеронабирателя и телефонной книги. В качестве интерфейса звонка - АГКонтактс. Вот там и обратил внимание на дублирование, затем и в Труфоне пошли, а потом в родную звонилку зашёл и увидел то, что на скрине.