Не знаю, я (да и наверное все) развязываю сам PHY, а не уже диф.пару. Но думаю из-за задержек не будет проблем, там индуктивность не такая большая нужна чтобы на 1 МГц было что-то страшное
А другие варианты это выпаять микросхему, и usb2can с гальванической развязкой юсб.