В моем видении, melpa (или любой другой дистрибютор emacs-пакотв) должен просто стараться предоставлять отдельные репозитории для юзеров популярных пакетных менеджеров. К авторам melpa-пакетов уже есть требования. Пусть пишут recipes так, чтоб можно было почти все внешние пакеты генерить на них автоматически.
У меня, кстати, emacs-portage написан в Org, и там есть целый раздел, который просто игнорится в зависимости от системных настроек при инсталляции. https://gitlab.com/akater/emacs-portage/-/blob/master/portage-transient.org#L105 Это вот по-моему гуманное управление зависимостями! Но это я мог себе позволить только потому что устанавливать emacs-portage имеет смысл только из portage.