ммм, так ведь встроенный орг в read-only для юзера
Это задача для тех, кто разрабатывает пакетный менеджер.
Мой системный пакетный менеджер все пакеты устанавливает в site-lisp, все в read-only. Я б мог ему и про org все объяснить, но не до того пока, и там надо толково уточнять, как устроены встроенные емаксопакеты, чтоб написать осмысленно, а не догадываясь.
Я избегаю package.el как могу, он настолько плох, что слов нет. Он даже документацию установить не может. Я вот недавно запакетил transient, так внезапно появилась документация к нему. ebdb тоже надо бы так, я регулярно ее вручную подключаю.