У нас может быть одна текстура, но разные материалы в юнити, по методу, который я выше описал, если важна оптимизация, материал сам по себе не жрет ничего.
Благодарю, всё получилось, спасибо за подсказки. Оказывается надо было просто в блендере назначить материалы перед экспортом, тогда в сабсе так же будут отдельные материал слоты и в unity.