Ну в конечном счете SSL-серт не что иное как обертка для паблик ключа.
А наличие подписи удостоверяющим центром это гарантия происхождения (так как сертификат получается при первой транзакции с сервером и это мог бы быть MITM)
В слуаче пиннига ключ уже есть и из доверенного источника
Тем не менее выданный удостоверяющим центром дает пару преимуществ:
- его можно аннулировать в случае взлома сервера, обратившись в тот же центр (не проверял как оно работает в случае пиннинга, но пишут что должно)
- в случае если пиннинг сломается, все продолжит работать по классической схеме
- дает возможность другим клиентам работать с тем же беком без пиннинга
